وظایف مرکز بهداشت شامل:
1- جمع آوری, طبقه بندی و تجزیه و تحلیل اطلاعات مورد نیاز برنامه های مختلف بهداشتی، آمارهای حیاتی و فعالیتهای واحد های بهداشتی شهرستان به منظور تدوین برنامه های محلی و تهیه گزارش.
2- شناخت و دسته بندی مسایل بهداشتی منطقه و تنگناهای فنی و اجرایی برنامه ها.
3- بررسی و شناخت اپیدمیولوژیک بیماریهای بومی و اپیدمی.
4- تهیه و ابلاغ دستورالعمل های اجرایی لازم برای اجرای برنامه های کشوری خدمات بهداشتی ( برای واحد های تابعه)
5- تدوین برنامه های بهداشتی متناسب با شرایط محلی برای حل مشکلات بهداشتی و مبارزه با بیماریهای بومی و اپیدمیها.
6- برنامه ریزی گسترش و تغییرات واحد های بهداشتی متناسب با تغییرات جمعیتی و تامین دسترسی سهل جامعه به خدمات بهداشتی.
7- تدارک و پشتیبانی فنی, اداری و مالی از مراکز بهداشتی درمانی و خانه های بهداشت تابعه.
8- مشارکت در برنامه ریزی و اجرای آن قسمت از آموزش پزشکی جامعه نگر که در واحد های بهداشتی می‌گذرد.
9- تدوین و اجرای پژوهشهای کاربردی در زمینه مسایل بهداشتی منطقه.
10- اجرای پروژه های آزمایشی در زمینه روشهای نوین, کاربرد ابزارهای جدید و ادغام خدمات.
11- تدوین و ابلاغ برنامه, روشها و دستورالعمل های مربوط به آزمایشهای بهداشتی ( تشخیص طبی در موارد لزوم و اپیدمی ها, آب و فاضلاب, بهداشت حرفه ای ).
12- انجام آزمایشهای بهداشتی برای کنترل کار آزمایشگاههای مراکز بهداشتی درمانی تابعه و تشخیص های آزمایشگاهی برابر دستور العمل های کشوری.
13- نظارت بر نحوه خدمات آزمایشگاهی مراکز بهداشتی درمانی و بررسی و تایید درخواست لوازم و مواد مورد نیاز آنها.
14-نظارت مستمر بر فعالیتهای فنی, پشتیبانی, اداری و مالی مرکز بهداشتی درمانی و خانه های بهداشت تابعه.
15- ارزشیابی منظم خدمات و پوشش برنامه های بهداشتی شهرستان.
16- جمع آوری و بررسی گزارش فعالیت مراکز بهداشتی درمانی تابعه و ابلاغ نتیجه به آنها و تهیه گزارش برای ارگانها و مقامهای بالاتر.
17- تدوین, اجرا و مشارکت در اجرای برنامه های آموزش بدون خدمت و حین خدمت کارکنان بهداشت شهرستان.
18- برآورد اعتبارات مورد نیاز برنامه ها و تدوین بودجه سالانه و اجرای بودجه مصوب.